2000 – 2010: Época de transición

El inicio del nuevo siglo no será tan fructífero como la última década, pero a pesar de todo se nos presentaron nuevas oportunidades para retornar a la segunda división B. La temporada 00/01 nos lleva a la liguilla tras el cuarto puesto en la liga pero un poderoso Real Club Celta de Vigo B muy superior es quien se lleva el gato al agua. Segundos, precederíamos a C.D. Las Rozas y U.D. Salamanca B en el grupo. En la campaña 01/02 fuimos decimoprimeros, muy alejados de los puestos de honor, concluyendo sextos en la 02/03. Nos encontrábamos en un periodo de transición y los resultados no eran los de años anteriores. Séptimos en la temporada 03/04, decimosegundos en la 04/05, superábamos ese pequeño bache deportivo volviendo a la liguilla de ascenso en la temporada 05/06 tras ser cuartos. Para entonces el sistema de ascensos había cambiado y las disputas se realizaban mediante eliminatorias directas a dos encuentros. En cuartos de final nos encontrábamos con el Real Club Deportivo de La Coruña B quien nos superaba en ambos encuentros: 1-2 en Les Caleyes y 1-0 en la capital gallega.

En la temporada 06/07 éramos subcampeón tras el Caudal Deportivo pero, como sucediera en la anterior campaña, caíamos en cuartos de final ante un sorprendente Polideportivo Ejido B que nos vencía por 4-0 en la localidad almeriense. El 2-1 de Villaviciosa no fue suficiente. Las tres temporadas siguientes no fueron muy satisfactorias y, lejos de los puestos de promoción de ascenso, quedábamos octavos en la 07/08 y décimos en las campañas 08/09 y 09/10.